21世紀末、新種のウィルスが蔓延、感染した人間は超人的な知能と運動能力を身につけるが、"ファージ"と呼ばれた彼らは感染後わずか12年で命を落とす運命にあった。ファージの能力を恐れた人間たちは、彼らの根絶を企て、政府によるファージ掃討作戦が開始される。追い詰められたファージは地下組織を結成、人間政府との激しい抗争を繰り広げる。やがて政府はファージ絶滅の切り札となる最終兵器の開発に成功する。ファージ側はその情報をつかむと、最終兵器強奪のため、最強の殺し屋ヴァイオレットを送り込む。かつて、感染した夫と子どもを政府に殺され復讐に燃えるヴァイオレットは、兵器の入ったケースを難なく奪い去る。しかしその直後、彼女は最終兵器がわずか9歳の少年であることを知るのだった。
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